Defensora:
Representa a la Defensoría de la Mujer Indígena y coordina las acciones a nivel nacional y regional para el logro de los objetivos institucionales

Delegadas Regionales de la Defensora:
Representan a la Defensora en las regionales. Sus principales atribuciones son identificar violaciones a los derechos de las mujeres indígenas, así como proponer medidas y programas para la defensa y pleno ejercicio de tales derechos en su región

Junta Coordinadora:
Está conformada por ocho representantes electas en Asamblea del Consejo Consultivo. Sus atribuciones se centran en asesor a la Defensora en las acciones, programas y proyectos para prevención, defensa de los derechos para la prevención, defensa de los derechos de las mujeres indígenas, así como en la erradicación de todas las formas de violencia y discriminación contra ellas.

Consejo Consultivo:
Está integrado por una representante de cada comunidad lingüística del país. Sus principales atribuciones son discutir, proponer e informar a las comunidades lingüísticas sobre los planes de la Defensoría de la Mujer Indígena, elegir a la junta Coordinadora, así como opinar sobre el presupuesto anual de la institución en sus respectivas regiones.